Theo khuyến cáo của Cục An toàn thực phẩm, Bộ Y tế, bánh chưng, bánh tét là món ăn ngon truyền thống, một món ăn tương đối hoàn chỉnh về các nhóm thực phẩm và giàu dinh dưỡng. Người ta thường quan niệm là bánh chưng không nên bảo quản trong tủ lạnh vì dễ bị lại gạo (cứng). Tuy nhiên, nếu thời tiết nóng thì có thể bảo quản vào ngăn mát tủ lạnh, ăn đến đâu cắt đến đó, phần còn lại thì dùng màng che thực phẩm bao kín.
Đến khi sử dụng, lấy bánh trong tủ lạnh ra cần luộc, hấp lại hoặc rán trước khi ăn. Nên hạn chế rán bánh vì như vậy đã làm tăng thêm lượng chất béo (dầu/mỡ) vào trong khẩu phần ăn hàng ngày không có lợi cho sức khỏe.
Các chuyên gia dinh dưỡng cũng khuyên rằng, những người bị thừa cân, béo phì cần hạn chế ăn bánh chưng vì loại thực phẩm này rất nhiều chất. Một người bị béo phì chỉ nên ăn 200-250g chất bột đường mỗi ngày tương đương 2 miếng bánh chưng được chia thành 8 phần, đồng thời khi đã ăn bánh chưng cần giảm các thực phẩm chứa tinh bột khác.
Ngoài ra, để bảo quản bánh chưng không bị mốc, ôi thiu, chuyên gia dinh dưỡng cũng khuyến cáo các gia đình cần lưu ý ngay từ khâu chế biến đến lựa chọn nguyên liệu. Lá gói bánh cần được làm sạch và phơi thật ráo nước.
Bánh sau khi nấu chín nên rửa lại bằng nước sạch, ép bằng vật nặng cho ra hết nước và làm bánh chắc hơn; cất bánh ở nơi khô ráo, thoáng gió tránh cho bánh không bị ẩm mốc.
Hiện nay, phương pháp hút chân không để bảo quản bánh chưng cũng rất phổ biến. Cách làm này không chỉ giúp cất trữ bánh hợp vệ sinh mà còn hạn chế côn trùng, bụi bẩn. Với cách bảo quản bằng hút chân không, bánh chưng có thể bảo quản được 5-10 ngày trong điều kiện bình thường.
Nhưng cách tốt nhất bảo quản bánh chưng là để trong ngăn mát tủ lạnh. Bánh chưng khi để ở nhiệt độ phòng có thể bảo quản trong 3-4 ngày và thời gian sẽ giảm đi khi trời nồm, ẩm ướt. Trong khi đó, bảo quản ngăn mát tủ lạnh có thể để được 15-20 ngày.
Nếu không kịp ăn hết bánh chưng trong những ngày Tết, các gia đình có thể bảo quản trong ngăn đá, tuy nhiên khi rã đông nên bỏ xuống rã đông từ từ trong ngăn mát và sau đó có thể luộc, hấp lại để bánh đỡ sượng.
Với những chiếc bánh chưng bị mốc lá hoặc mới mốc một góc, người dân nên loại bỏ, không nên ăn vì tất cả các thực phẩm đã mốc đều sinh ra độc tố Aflatoxin. Loại độc chất này có thể gây nên những ảnh hưởng bất lợi cho con người qua một thời gian dài tích tụ Aflatoxin từ thực phẩm.